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"pip install"로 TensorFlow를 설치하는 경우, TensorBoard 실행 시 아래와 같은 에러메세지가 발생할 수 있다 (http://0.0.0.0:6006으로 접속해 보면 TensorBoard 로고는 나오지만 내용 없이 공백만 나온다). 이와 같은 경우 TensorBoard가 제대로 설치되지 않은 경우이니 TensorFlow 소스로부터 직접 TensorBoard를 빌드할 필요가 있다. WARNING:tensorflow:IOError [Errno 2] No such file or directory: '/home/dwlee/.python_virtual_envs/py27/local/lib/python2.7/site-packages/tensorflow/tensorboard/TAG' on pat..

Group the TCGA somatic mutation file according to each patient¶ I use COAD(colon adenocarcinoma) data here. The file format is MAF(mutation annotation format). The MAF file contains 'Tumor_Sample_Barcode' column. The barcode is represented as follows: TCGA-SiteID-PatientID-SampleID-PortionID-PlateID-CenterID SiteID (or TSS) means "tissue source site", which has the information about hospitals or..

CanDrA는 mis-sense mutation의 효과를 예측해 주는 프로그램이다. TCGA의 데이터의 mis-sense 데이터를 CanDrA가 요구하는 입력 파일 형태로 만들기 위해서는 약간의 가공이 필요하다. 아래는 python의 pandas를 이용하여 TCGA 데이터를 가공하는 예시이다.Parse the TCGA somatic mutation file for generating CanDrA input file I use COAD(colon adenocarcinoma) data here. The file format is MAF(mutation annotation format). In [1]: import pandas as pd from pandas import Series, DataFrame imp..

PyQt5 프로그램을 실행할 때, 아래와 같은 에러가 발생할 수 있다. OS X의 경우: This application failed to start because it could not find or load the Qt platform plugin "cocoa". Windows의 경우: This application failed to start because it could not find or load the Qt platform plugin "windows". 이러한 문제를 해결하는 임시방편 중 하나는, 자신의 시스템에 따라 적절한 plugin 디렉토리를 직접 명시적으로 지정해 주는 것이다. 나의 경우 OS X에서 "brew install"로 Qt5를 설치했기 때문에 아래와 같이 디렉토리를 지정하였..

list에 파이썬 객체를 추가할 때, 대소비교가 가능한 경우 bisect 모듈의 insort 함수를 이용하면 정렬된 상태를 유지하면서 객체를 추가할 수 있다.정렬된 상태로 추가하면 추후 search 할 때 좋다. import bisect import random l = [] for i in range(10): x = random.random() print x bisect.insort(l, x) print l 출력: 0.0805129763661 0.166575560196 0.477348563183 0.532650178858 0.697167949906 0.513122663452 0.424739746705 0.557318727948 0.813420926411 0.00561738393183 [0.00561738..

Python에서 (또는 Cython에서) 외부 라이브러리를 사용할 때 (주로 Python wrapper 모듈을 통해 사용), 외부(external or third party) 동적 라이브러리(dynamic library, DLL) 또는 공유 라이브러리 (shared library, SO)가 들어있는 디렉토리가 dynamic linker가 참조하는 환경변수에 포함돼 있어야 한다. 운영체제에 따라 프로그램 실행 과정에서 동적 라이브러리를 찾는 방법이 다르니, '적절한' 환경변수에 해당 라이브러리가 들어있는 경로를 추가해 주면 된다. 예를 들어, Windows에서는 "PATH", Linux 배포판에서는 "LD_LIBRARY_PATH", OSX에서는 "DYLD_LIBRARY_PATH"에 동적 라이브러리가 들어있..

참조: "Learning Cython Programming" by Philip Herron (2013, Packt Publishing) *운영체제: Windows7 (64bit)*컴파일러: gcc (tdm64-2) 4.8.1*파이썬: Python 2.7.7 |Anaconda 2.0.1 (64-bit)| [주의!] Windows7 64bit 용 Anaconda Python 배포판 2.7 버전은 Microsoft Visual Studio 2008 (MSVC 2008)에서 컴파일됐기 때문에, TDM-GCC 사용 시 문제가 많을 수 있습니다. 이 예제는 TDM-GCC를 사용했지만, 실제 Cython을 이용하여 프로그램을 작성하실 분들은 반드시 MSVC 2008을 사용하기를 권합니다. 제 경험으로는 TDM-GCC..

제대로 된 BLAS계열 패키지를 설치하지 않으면 numpy와 scipy의 성능이 제대로 나오지 않는다.요즘 대부분의 서버가 멀티코어 시스템으로 구성되어 있기 때문에 코어를 충분히 활용할 수 있도록 numpy와 scipy를 설치해 주어야 한다.아래 내용은 openblas를 이용하여 numpy와 scipy를 설치하는 방법이다. 하지만! openblas에 문제가 있는 것인지, 테스트(최하단 소스코드 참고)를 해보면 scipy 테스트에서 에러가 발생하고,numpy.test(verbose=2)와 scipy.test(verbose=2) 등의 테스트도 제대로 통과하지 못한다 (CentOS 5.7 (Final)에 설치).잘 설치되시는 분 저 좀 알려주시길..! ㅠ 아래 내용은 http://stackoverflow.co..

몬티홀 문제를 100만번 반복해서 실행해 보는 코드이다.매번 게임판이 달라지며, 모든 선택은 무작위로 일어난다고 가정 (Python의 random 모듈에 의존). import random def generate_doors(): d = [0, 0, 0] ans_door = random.randint(0, 2) d[ans_door] = 1 return d, ans_door def select_door(): return random.randint(0, 2) def open_door(d, selected): empty_doors = [] for i, door in enumerate(d): if door != 1 and i != selected: empty_doors.append( i ) # end of if #..

이 포스트(http://nosyu.pe.kr/2764)를 기본으로 설치하였으나, scipy 설치에서 에러가 발생. 여기(http://algo79.tistory.com/entry/python-24-26-upgrade-centos-55)에 아주 정확한 trouble shooting이 있음. 나의 경우 scipy를 0.13.0 버전을 사용했기에 위 방법에서 에러가 발생함.