CanDrA input file 생성을 위한 TCGA somatic mutation 파일 파싱하기
CanDrA는 mis-sense mutation의 효과를 예측해 주는 프로그램이다. TCGA의 데이터의 mis-sense 데이터를 CanDrA가 요구하는 입력 파일 형태로 만들기 위해서는 약간의 가공이 필요하다. 아래는 python의 pandas를 이용하여 TCGA 데이터를 가공하는 예시이다.Parse the TCGA somatic mutation file for generating CanDrA input file I use COAD(colon adenocarcinoma) data here. The file format is MAF(mutation annotation format). In [1]: import pandas as pd from pandas import Series, DataFrame imp..
Python/요리 방법
2015. 12. 21. 14:27
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