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Group the TCGA somatic mutation file according to each patient¶ I use COAD(colon adenocarcinoma) data here. The file format is MAF(mutation annotation format). The MAF file contains 'Tumor_Sample_Barcode' column. The barcode is represented as follows: TCGA-SiteID-PatientID-SampleID-PortionID-PlateID-CenterID SiteID (or TSS) means "tissue source site", which has the information about hospitals or..

CanDrA는 mis-sense mutation의 효과를 예측해 주는 프로그램이다. TCGA의 데이터의 mis-sense 데이터를 CanDrA가 요구하는 입력 파일 형태로 만들기 위해서는 약간의 가공이 필요하다. 아래는 python의 pandas를 이용하여 TCGA 데이터를 가공하는 예시이다.Parse the TCGA somatic mutation file for generating CanDrA input file I use COAD(colon adenocarcinoma) data here. The file format is MAF(mutation annotation format). In [1]: import pandas as pd from pandas import Series, DataFrame imp..

list에 파이썬 객체를 추가할 때, 대소비교가 가능한 경우 bisect 모듈의 insort 함수를 이용하면 정렬된 상태를 유지하면서 객체를 추가할 수 있다.정렬된 상태로 추가하면 추후 search 할 때 좋다. import bisect import random l = [] for i in range(10): x = random.random() print x bisect.insort(l, x) print l 출력: 0.0805129763661 0.166575560196 0.477348563183 0.532650178858 0.697167949906 0.513122663452 0.424739746705 0.557318727948 0.813420926411 0.00561738393183 [0.00561738..

참조: "Learning Cython Programming" by Philip Herron (2013, Packt Publishing) *운영체제: Windows7 (64bit)*컴파일러: gcc (tdm64-2) 4.8.1*파이썬: Python 2.7.7 |Anaconda 2.0.1 (64-bit)| [주의!] Windows7 64bit 용 Anaconda Python 배포판 2.7 버전은 Microsoft Visual Studio 2008 (MSVC 2008)에서 컴파일됐기 때문에, TDM-GCC 사용 시 문제가 많을 수 있습니다. 이 예제는 TDM-GCC를 사용했지만, 실제 Cython을 이용하여 프로그램을 작성하실 분들은 반드시 MSVC 2008을 사용하기를 권합니다. 제 경험으로는 TDM-GCC..

제대로 된 BLAS계열 패키지를 설치하지 않으면 numpy와 scipy의 성능이 제대로 나오지 않는다.요즘 대부분의 서버가 멀티코어 시스템으로 구성되어 있기 때문에 코어를 충분히 활용할 수 있도록 numpy와 scipy를 설치해 주어야 한다.아래 내용은 openblas를 이용하여 numpy와 scipy를 설치하는 방법이다. 하지만! openblas에 문제가 있는 것인지, 테스트(최하단 소스코드 참고)를 해보면 scipy 테스트에서 에러가 발생하고,numpy.test(verbose=2)와 scipy.test(verbose=2) 등의 테스트도 제대로 통과하지 못한다 (CentOS 5.7 (Final)에 설치).잘 설치되시는 분 저 좀 알려주시길..! ㅠ 아래 내용은 http://stackoverflow.co..

몬티홀 문제를 100만번 반복해서 실행해 보는 코드이다.매번 게임판이 달라지며, 모든 선택은 무작위로 일어난다고 가정 (Python의 random 모듈에 의존). import random def generate_doors(): d = [0, 0, 0] ans_door = random.randint(0, 2) d[ans_door] = 1 return d, ans_door def select_door(): return random.randint(0, 2) def open_door(d, selected): empty_doors = [] for i, door in enumerate(d): if door != 1 and i != selected: empty_doors.append( i ) # end of if #..

import copy words = range(0, 3) words = [str(e+1) for e in words] n = len( words ) tubes = [] for i in range(n): tubes.append( [''] ) numTubes = len(tubes) for i in range(n): for j in range(numTubes): for k in range(len(tubes[j])): tubes[j][k] += words[j] print tubes sumTube = [] for j in range(numTubes): for e in tubes[j]: sumTube.append( e ) for j in range(n): tubes[j] = copy.deepcopy( sumTube )

http://dynamide.tistory.com/1272

[CentOS 5.6에서 Python2.6 + PyQt4 + matplotlib 설치하기] - CentOS 5.6 기준 - Python 2.6 + PyQt4 + matplotlib 1.0 조합 0. 들어가기 전에 - 여러 사람이 쓰는 워크스테이션 또는 클러스터 컴퓨팅 환경이라는 가정 하에, 모든 설치는 root 권한 없이 수행한다. - Windows가 각종 프로그램을 "C:\Program Files" 디렉토리에 모아두는 것처럼, 각종 프로그램은 "/home/user/softwares"라는 디렉토리 아래에 놓기로 한다. 이는 root 권한이 없으므로 설치된 프로그램을 나중에 관리하기 쉽도록 home 디렉토리 밑에 두고자 하는 것이다. 여기서 "user"는 사용자 계정(아이디)을 의미한다. 사용자 계정이 d..

# First of all, need to read python doc. about ctypes.. from ctypes import * class Obj(Structure) : _fields_ = [("name", c_char_p), ("id", c_int)] class Person(Structure) : _fields_ = [("stInfo", Obj)] def __init__(self, person=None): self.stInfo = Obj() if person is not None : self.stInfo = person.stInfo def __str__(self) : return "I'm %s, and my id is %d" % (self.stInfo.name, self.stInfo.id) q..