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Group the TCGA somatic mutation file according to each patient¶ I use COAD(colon adenocarcinoma) data here. The file format is MAF(mutation annotation format). The MAF file contains 'Tumor_Sample_Barcode' column. The barcode is represented as follows: TCGA-SiteID-PatientID-SampleID-PortionID-PlateID-CenterID SiteID (or TSS) means "tissue source site", which has the information about hospitals or..

CanDrA는 mis-sense mutation의 효과를 예측해 주는 프로그램이다. TCGA의 데이터의 mis-sense 데이터를 CanDrA가 요구하는 입력 파일 형태로 만들기 위해서는 약간의 가공이 필요하다. 아래는 python의 pandas를 이용하여 TCGA 데이터를 가공하는 예시이다.Parse the TCGA somatic mutation file for generating CanDrA input file I use COAD(colon adenocarcinoma) data here. The file format is MAF(mutation annotation format). In [1]: import pandas as pd from pandas import Series, DataFrame imp..