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Group the TCGA somatic mutation file according to each patient¶ I use COAD(colon adenocarcinoma) data here. The file format is MAF(mutation annotation format). The MAF file contains 'Tumor_Sample_Barcode' column. The barcode is represented as follows: TCGA-SiteID-PatientID-SampleID-PortionID-PlateID-CenterID SiteID (or TSS) means "tissue source site", which has the information about hospitals or..

CanDrA는 mis-sense mutation의 효과를 예측해 주는 프로그램이다. TCGA의 데이터의 mis-sense 데이터를 CanDrA가 요구하는 입력 파일 형태로 만들기 위해서는 약간의 가공이 필요하다. 아래는 python의 pandas를 이용하여 TCGA 데이터를 가공하는 예시이다.Parse the TCGA somatic mutation file for generating CanDrA input file I use COAD(colon adenocarcinoma) data here. The file format is MAF(mutation annotation format). In [1]: import pandas as pd from pandas import Series, DataFrame imp..

참조: "Learning Cython Programming" by Philip Herron (2013, Packt Publishing) *운영체제: Windows7 (64bit)*컴파일러: gcc (tdm64-2) 4.8.1*파이썬: Python 2.7.7 |Anaconda 2.0.1 (64-bit)| [주의!] Windows7 64bit 용 Anaconda Python 배포판 2.7 버전은 Microsoft Visual Studio 2008 (MSVC 2008)에서 컴파일됐기 때문에, TDM-GCC 사용 시 문제가 많을 수 있습니다. 이 예제는 TDM-GCC를 사용했지만, 실제 Cython을 이용하여 프로그램을 작성하실 분들은 반드시 MSVC 2008을 사용하기를 권합니다. 제 경험으로는 TDM-GCC..

Armadillo C++ vs. Julia vs. Python 모두 행렬곱에서 OpenBLAS parallelism을 이용하는 듯.(AMD기반 멀티코어 리눅스(CPU 4개, 총 64코어)에서 CPU 이용률이 모두 6000% 이상). 테스트 수식:res = M*transpose(M) 아래는 단적인 결과 예 (통계 처리 고려 안 함): Armadillo C++:20000x20000: 30.961 sec.30000x30000: 101.652 sec. Julia (OpenBLAS):20000x20000: 108.910 sec.30000x30000: 365.130 sec. Python (OpenBLAS):20000X20000: 86.677 sec.30000x30000: 310.948 sec. 모두 밑단에서 Ope..

# First of all, need to read python doc. about ctypes.. from ctypes import * class Obj(Structure) : _fields_ = [("name", c_char_p), ("id", c_int)] class Person(Structure) : _fields_ = [("stInfo", Obj)] def __init__(self, person=None): self.stInfo = Obj() if person is not None : self.stInfo = person.stInfo def __str__(self) : return "I'm %s, and my id is %d" % (self.stInfo.name, self.stInfo.id) q..

- 먼저 MSVC++(Express 버전)에서 dll을 만든다. dll의 내용이 되는 소스는 다음과 같다. // PyDll.cpp -> PyDll.dll struct St { int x; char * str; double f; }; extern "C" __declspec(dllexport) void func(void* st) { St temp = {1, "Hello", 3.14}; *((St*)st) = temp; } - Python에서 dll을 import한 다음 dll에 정의되어 있는 구조체와 동일한 구조를 갖는 ctypes.Structure를 정의한다. 그 다음 정의한 ctypes.Structure의 객체를 byref()를 통해 dll에 있는 함수에게 넘겨준다. from ctypes import *..

[문제 상황] 파이썬 문서(http://docs.python.org/extending/windows.html)에 나와있는 대로 따라하는 과정에서 문제가 발생하였다. (컴파일 환경은 Python 3.1 및 Visual C++ 2008 Pro.) 해당 파이썬 문서에는 다음과 같은 내용이 있다. 아주 간편해 보인다. 4. Building C and C++ Extensions on Windows// 중략.. To build extensions using these instructions, you need to have a copy of the Python sources of the same version as your installed Python. You will need Microsoft Visual C++..